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La qualité du peuplement du phytoplancton au sein des bassins qui composent une station de type lagunage naturel à microphytes donne une indication sur son efficacité. Ainsi, la flore algale des eaux issues des trois (3) bassins de la station d’épuration des eaux usées du centre hospitalier régional de Daloa (Côte d’Ivoire), a été inventoriée grâce à des échantillons d’eau prélevés dans chaque bassin. Le phytoplancton des différents échantillons a été observé au microscope optique. De même, la composition du phytoplancton ainsi que la densité et l’indice planctonique de chacun des bassins ont été déterminés. Il ressort que la communauté phytoplanctonique des eaux issues des bassins est estimée à 63 taxons regroupés en 8 classes, 5 embranchements. Parmi ces 63 taxons, les Cyanophycées et les Chlorophycées sont plus diversifiées. L’indice planctonique a montré que les bassins sont dans un état eutrophe dû à une forte densité des Cyanobactéries au cours de la période d’étude. Par ailleurs, les résultats ont révélé une ressemblance entre la flore phytoplanctonique inventoriée dans chaque bassin, mais cette ressemblance est encore plus marquée entre le bassin anaérobie (bassin 1) et le bassin de maturation ou aérobie (bassin 3) avec un taux de 76,1 %. Ce qui est contraire au fonctionnement normal de la station.