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Les substances chimiques utilisées dans les hôpitaux pour les activités de soins et de recherche médicale sont pour une part importante retrouvées dans les effluents liquides. Cette forme d'évacuation n'est pas exempte de risques pour les espèces vivantes des écosystèmes qui sont exposés. L'objectif de cet article est de présenter (i) les étapes d'une procédure élaborée pour la gestion et l'évaluation des risques écotoxicologiques liés aux effluents hospitaliers rejetés au réseau en direction d'une Step puis dans un milieu récepteur aquatique ; et (ii) les résultats de son application sur les effluents d'un service de maladies tropicales et infectieuses d'un hôpital se trouvant dans une grande ville du Sud-Est de la France. La démarche fait appel à la caractérisation des effluents hospitaliers concernant leur composition chimique, la flore bactérienne présente, et leur toxicité vis-à-vis de différents organismes représentatifs des écosystèmes « cibles ». Pour la caractérisation des effets, deux hypothèses de travail ont été élaborées. Elles concernent : (a) les effets sur les processus biologiques de la Step, en particulier sur la communauté d'organismes chargée de la décomposition biologique de la matière organique ; (b) les effets sur les espèces des milieux aquatiques récepteurs des effluents de la Step. Le scénario présenté conduit à une évaluation semi-quantitative des risques. La procédure globale élaborée devra maintenant être améliorée sur certains aspects, particulièrement ceux concernant : les interactions entre les médicaments, les désinfectants utilisés pour les soins et le nettoyage des locaux, et les détergents utilisés pour le nettoyage des locaux ; les interactions dans le réseau d'assainissement urbain et dans la Step entre les effluents hospitaliers et les effluents urbains classiques ; l'évolution de la toxicité à long terme sur les organismes cibles (effets génotoxiques, effet liés à la bioaccumulation des polluants,…).