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La matière organique est un élément majeur des milieux naturel et anthropique. La coagulation-floculation, se présente comme l’une des techniques efficaces pour son élimination, mais elle nécessite l’ajout de produits chimiques et génère une importante quantité de boues. Cette étude s’est intéressée à concevoir un pilote d’électrocoagulation avec des électrodes en aluminium, pour le traitement de la matière organique naturelle (de l’eau du barrage d’Ilauko) et anthropique (du lixiviat du Lieu d’Enfouissement Sanitaire de Ouèssè). Les performances de traitement des deux procédés ont été déterminées selon la qualité de l’eau. Les résultats obtenus ont montré que l’électrocoagulation peut se substituer à la coagulation chimique, pour le traitement des fractions hydrophobe et particulaire de la matière organique. L’efficacité du traitement dépend de l’origine de la matière organique : les deux procédés ont permis d’éliminer le Carbone Organique Dissous d’environ 50 % et 75 % respectivement pour l’eau naturelle et le lixiviat. Toutefois, les rendements d’indice SUVA ont montré que l’électrocoagulation est plus efficace sur les composés aromatiques. Par ailleurs, la coagulation par dissolution de cations métalliques nécessite une dose optimale de traitement moins importante que celle de la coagulation chimique.